V zemi platná „protiteroristická legislativa“ umožňuje bezpečnostním složkám v hojné míře porušovat lidská práva, mučit zadržené a předávat civilní osoby k neregulérním vojenským soudům. V souvislosti s protiteroristickými opatřeními je uvězněno několik politických vězňů. Podmínky v peruánských věznicích jsou přitom otřesné – nulová hygiena, násilí mezi vězni, choroby. Od roku 2000 stále pokračuje průzkum hromadných hrobů z dob vojenské vlády. V zemi působí teroristická organizace Světlá stezka.